Олег

Расшифровывать ничего не нужно, просто избавьтесь от вируса, который поймали. В таком коде обычно зашифровывается спам рассылка, редиректы, скачивание других вирусов к вам на сайт и прочая хрень. Восстановите свой файл из бэкапов, потому что некоторые вирусы заменяют файлы целиком (ваш вариант), а некоторые просто дописывают меньший по объему код в начало файла.

Делайте уникальный ключ по (upc, sku). Затем

INSERT INTO `product` (`upc`, `sku`, `price`, `price_retail`)
  VALUES (:upc1, :sku1, :price1, :price_retail1), ..., 
         (:upcN, :skuN, :priceN, :price_retailN)
  ON DUPLICATE KEY UPDATE `price` = VALUES(`price`), 
    `price_retail` = VALUES(`price_retail`)

Только следите за длиной строки запроса, переменная max_allowed_packet

Ещё вариант - использовать подготовленный запрос. Один раз перед циклом делается prepare и bind, затем на каждом шаге execute. Экономия идёт на компиляции запроса.