Все до безобразия просто:
Вы выделяете память в момент, когда она вам нужна, а удаляете когда эта память вам более не нужна.
Соотвественно, вам нужна функция array_deinit(), которая возьмет на себя непосильную ношу освобождения памяти в момент, когда вы больше не планируете обращаться к своему двумерному массиву.
В простейшем случае, в С++ подобный функционал оборачивают в класс, который, в свою очередь, обязательно должен почистить за собой память хотя бы в деструкторе.
Также в современном С++ не принято использовать new/delete без веской причины (например, вы пишете супер быстрый, современный контейнер, в котором хотите управлять всеми аллокациями самостоятельно), а рекомендуется использовать умные указатели для работы с памятью.