Теперь подходим к тому, как в моем случае решилась данная проблема. Проблемные ярылки Windows в CrossOver которые я удалял, на самом деле не удалились и именно они не давали запускаться аплету меню. Находятся эти ярылки в домашней директории ~/.local/share/applications/ выберите и удалите оттуда ярлыки которые вы хотели убрать через CrossOver.