d'Ivan

Скрытые файлы внутри архива?

Зависит от кого защищаемся. Если от органов безопасности, то, вполне возможно, шифрование будет взломано.

2) шифровать имена файлов внутри архива?

If archive headers are not encrypted (“encrypt file names” option is disabled), file checksums for encrypted RAR 5.0 files are modified using a special password dependent algorithm. This prevents third parties from guessing file contents based on checksums.

What is the "Encrypt File Names" Option?

If you set the "Encrypt file names" option, WinRAR will not only encrypt the file data, but all other sensitive archive areas like file names, sizes, attributes, comments and other blocks. This provides a higher level of security.

If you want to prevent third parties from drawing conclusions about the content of the archives based on the meta files, you should enable this function. Without entering the correct password, it is impossible to even view the list of files that have been encrypted.

https://www.win-rar.com/encryption-faq.html?&L=0

Нужно добавить галочку для шифрования имен файлов:
https://www.win-rar.com/encryption-faq.html#what-i...

Ответ можно получить от разработчиков rar, но у меня есть некоторые догадки:
Помехоустойчивое кодирование с иcпользованием разл...
А также дублирование блоков данных.

Почитай что такое "дедупликация". Полезная вещь.
Исходные файлы (ничем не сжатые и незашифрованные) обычно содержат небольшие повторяющиеся блоки данных. А целевой алгоритм сжатия применять не ultra, а просто сильное сжатие, ибо очень медленно сжимать будет, а толку мало.

В новых версиях WinZIP и WinRAR имеется опциональное шифрование данных. Расшифровать могут те у кого есть ключ или, возможно, специалисты-криптологи. Ранние версии шифрования WinZIP были некриптостойкими и была возможность относительно быстро подобрать пароль методом перебора со словарём. Новые версии используют алгоритмы шифрования 128-bit AES и 256-bit AES.
Если в архивах не военная тайна, то обеими программами можно спокойно пользоваться для шифрования.

Существует также другие типы зашифрованных хранилищ , контейнерные. Например TrueCrypt/VeraCrypt (см. в Википедии). В контейнерных хранилищах можно хранить как сжатые так и несжатые архивы, документы, фильмы и т.д. Хотя скорость записи снижается, зато необязательно применять сжатие, что может сэкономить время обработки при записи/чтении файлов.

Думаю, что помимо поддержки достаточного количества поддерживаемых популярных форматов сыграло на руку то, программа с открытой лицензией.