А если не подключать ничего к WAN в течение того же времени, тоже сбросит настройки? Если нет, может, это внешний фактор заставляет его сбросить настройки?
И для проверки этого достаточно поменять какую-то мелочь, не настраивая полностью.
Если в процессе установки требуется установить какие-то драйвера, то, по-моему, Wine для этого не предназначен. Драйвера то предназначены для Windows, а запуск Wine предполагает трансляцию вызовов в родные вызовы Linux.
Надеюсь, что я неправ.
EXPLAIN запроса что показывает?
Каковы показатели использования памяти в это время? Может, начинает использовать swap?
Что с активностью диска в то же время?
Это какая-то старая версия. Нужно проверить x86/x64 согласно архитектуре процессора.
Когда на новую ОС устанавливаешь старые версии ПО - это всегда приключение.
Windows и разработка на Rails - это занятие не слабых духом. Начиная с момента установки окружения для разработки. Удачи.