Удалось отследить №2 - "Ошибка печати". При подключении принтеров через GP (причем не важно как - через административные шаблоны или через GPP), по истечению некоторого времени 1С "теряет" принтер(-ы), помогает удаление и повторное подключение. Более детально логи не смотрел.
upd.
Проблема потери производительности ушла сама собой, отследить кто именно являлся виновником - не удалось.
После около полугода эксплуатации можно отметить, что с 2012R2 возникают проблемы только при использовании 1c8+печать. Пробовал распространять - офис, браузеры, 1с8, гарант, консультант, разного рода самописный web софт
Проблема с 1с8 сейчас.
При вызове окна печати (ctrl-p) система думает секунд 19. На 2008R2 - моментально открывается.
Принтеры на 2012R2 приезжают по политикам (с фильтрацией по группе), в 2008R2 - установлены вручную.