> WebSocketы или Flask?
Если нужен реалтайм - вебсокеты, не нужен - http. Flask тяжеловат, лучше посмотрите на fastapi.
Кроме websocket для реалтайма можно найти либы или сделать свой протокол на udp
> С чем удобнее работать в Unity?
Одинаково
> Что по производительности?
Поддержка постоянного websocket соединения более ресурсоемка, но если нужен реалтайм - нет выбора
> Что безопаснее?
Одинаково
> Какие подводные камни?
Индивидуальны, свои грабли вы найдете сами