Александр

RTFM MSDN :)

FindWindow/PostMessage (WinAPI)

Далее — любым способом приделываем к ПХП: либо расширением, либо просто отдельным приложением с нтерфейсом на stdin/out (пхп его запускает и передает необходимые данные/команды).

FileZilla FTP Server.

Правда пользовал его лет 5 назад, думаю сейчас развился.

Весьма просто и удобно WYSIWYG'но настраивается (разделяемые папки, права доступа).