Ну тут не понятно, кикие именно тут проблемы в этих 2х БД. Они содержат разные таблицы и данные? Забирай через SQL Server Management Studio структуру одной БД, добавляй ко второй, потом переноси данные через Import/Export.
Если это 2 Одинаковые БД но с различающимися данными, то тут только через определение принципа как мержить эти данные. Но в любом случае через Import/Export и какие то временные таблицы.