Никак.
Каждый вызов shell_exec порождает новый процесс командного интерпретатора (bash или cmd), который наследует переменные окружения от текущего php процесса.
Текущая дирректория это состояние командного интерпретатора, которое теряется между вызовами shell_exec.
В зависимости от решаемой задачи, вам необходимо либо запускать отдельно процесс cmd и передавать в него команды, либо запоминать текущее состояние и добавлять в каждый вызов shell_exec установку этого состояния, наприме банально вставлять перед каждой командой cd вот так:
$cwd = "/path/to/dir";
shell_exec("cd {$cwd}; ls");
shell_exec("cd {$cwd}; chmod +x banana.sh");
