// возвращается список, а не один элемент, поэтому работать не будет
document.getElementsByClassName('site').classList.add('container');
// вот так будет один элемент, если он есть в DOM-дереве
document.getElementsByClassName('site')[0].classList.add('container');
// вот так тоже будет один элемент, если он есть в DOM-дереве
document.querySelector('.site').classList.add('container');