У меня как-то возникала точно такая-же проблема. Обратился в тех. поддержку Бегета. Вот полный ответ специалиста хостинга:
Здравствуйте! Уточните, перед тем, как делать бекап, удаляли или переименовывали старую версию сайта в директории public_html? Если этого не сделать, версии сайта могут смешаться. Прикладываю инструкцию по восстановлению сайта из бекапа:
Для сохранения текущей версии и предотвращения смешивания версий сайта переименуйте папку public_html (например, в public_html_old). Сделать это можно через Файловый менеджер - это необходимо сделать, если неисправность появилась после изменений в структуре сайта (например, установка плагинов или если сайт был заражен вирусами).
Восстановите сайт на дату, когда он работал корректно:
перейдите в раздел BackUp:
выберите вкладку “Файловый архив”
выберите дату в выпадающем списке “Выбрать копию”
в строке с папкой сайта нажмите и подтвердите восстановление. Данные будут поставлены в очередь на восстановление.
При необходимости, восстановите базу данных MySQL:
сохраните текущее состояние БД через phpMyAdmin, войти в который можно через раздел MySQL, нажав кнопку . Инструкция по экспорту доступна, например, здесь.
после перейдите в раздел Backup
выберите вкладку “Базы данных”
выберите ту же дату, на которую были восстановлены файлы сайта
нажмите и подтвердите восстановление.
Для корректной работы сайта необходимо, чтобы даты восстановления папки сайта и базы совпадали.
Обращаем ваше внимание, что для корректного восстановления сайта, требуется достаточный размер свободной дисковой квоты на аккаунте.
Когда данные будут восстановлены, на контактный e-mail придет оповещение об удачном завершении процесса.
После восстановления очистите кэш браузера и проверьте работу сайта. Если все корректно, папку public_html_old и сохраненный дамп базы можно удалить.