Скорее всего, mega "скачивает" файл сначала в
IndexedDB, а потом вызывает диалог на сохранение файла в браузере.
Это точно не base64 строки, тк они бы давали слишком дикую нагрузку на систему.
Читайте
Storing images and files in IndexedDB
UPD: Пишут, что используется хромовское FileSystem API, но мне такой вариант не очень нравится, тк фиг знает, как оно должно работать в не-хроме (пока этот API не стандартизировали)