БЭМ предлагает методологию (подход, архитектуру) разделения интерфейса на независимые блоки.
Если у некоторых
блоков или
элементов есть особенный внешний вид или поведение (отличающие их от аналогичных
блоков или
элементов), то это реализуется с помощью
модификаторов.
Например, список с "активным" \ "выделенным" пунктом:
<ul class="list">
<li class="list__item">item 1</li>
<li class="list__item">item 2</li>
<li class="list__item list__item_active">item 3</li>
</ul>
С помощью модификатора "list__item_active" последний пункт списка помечается активным.
На этом полномочия БЭМ
заканачиваются )
БЭМ все равно какие стили или анимации вы будете использовать в "list__item_active". И все равно как вы будете добавлять модификаторы - вручную редактируя html или с помощью js.
БЭМ про общий подход наименования и использования селекторов, не про конкретные реализации какого-либо поведения или внешнего вида интерфейсов.