1) Проверьте консоль браузера. Первичная обработка происходит на js, если там есть проблемы, то он может отвалиться.
2) Фильтр при изменении параметров в форме отправляет ajax запрос. В ответ будет получен массив, одним из параметров которого будет url по которому должен осуществляться переход, для правильной фильтрации. Посмотрите что там приходит и происходит ли дальнейший переход на этот url
3) Компонент catalog.smart.filter должен вызываться раньше компонента catalog.section.
4) Если URL страницы меняется проверьте глобальный массив с фильтром, который формирует компонент catalog.smart.filter. Имя этого глобального массива прописано в параметре компонента FILTER_NAME. Так же это имя должно совпадать с тем что задано ниже в компоненте catalog.section.