company_id в users это неправильно. Нужно удалить и добавить user_id в companies. И
создать связь user hasMany companies и company belongsTo user. Если компании также могут иметь много юзеров, то использовать
manyToMany связь между User и Company. Запрашивать так
User::whereHas('companies', function ($query) {
$query->where('active', true);
})->get();