 
  /usr/share/applications/defaults.list найти строчку inode/directory=. У меня она была такой - inode/directory=org.gnome.nautilus.desktop. Но так как я успешно снес nautilus, то папки открывались в VS Code. Нужно org.gnome.nautilus.desktop заменить на .desktop файл нужного файлового менеджера, в моем случае - на nemo. Должно получится так:inode/directory=nemo.desktop