1. из тех дисков, где есть место, сделать разметку аналогично как это сделано на системном.
2. скопировать всё со старых разделов на новые, например так:
rsync -axHAWXS --numeric-ids --info=progress2 / /mnt/newdisk
3. установить загрузчик на новый диск
grub2-install /dev/new_disk
4. проверить fstab - что все точки монтирования (в первую очередь / , /var и другие системные)соответствуют нужным дискам
5. контрольный ребут