Основная разница в том, что FragmentContainerView позволит тебе динамически заменить фрагмент в рантайме, а fragment - нет.
И от этого оно уже пляшет, там есть всякие навороты про z-order, чтоб рисовать во время анимации в правильном порядке.
P.S. fragment это правда тег, а FragmentContainerView это именно вьюха, аналог FrameLayout.