В плане ты хочешь написать скрипт, при вызове которого будет обновляться какой то JS файл да можно, попробуй копнуть инфы о пакете"fs" в nodeJS я думаю он нужен тебе
Почему бы тогда просто не сделать конфигурационный файл, в котором по команде редактируются параметры. Сервер по запуску читает настройки из конфига. А также предусмотреть команду, которая заставит сервак подгрузить изменения из конфига и применить их без перезапуска всего сервера.