Последнее, что следует делать - это хранить конфигурацию в БД, лучше уж в .txt записывать...
В целом конфиг такая штука, с которой меньше всего хочется заморачиваться, так что берешь .py файл и пишешь в него, а данные читаешь из env, например. Так работает django, так умеет flask, gunicorn и много других фреймворков.
