как сделать так что бы он всегда в лог файл записывал только последнюю строчку, а не копил полное содержимое с момента запуска?
там идет примерно 50-60 итераций в секунду, столько раз в самом скрипте делать сохранение не очень актуально наверное
Можете по-человечески сформулировать какую строчку какой секунды какой итерации вы хотите видеть в логе?
P.S. Подозреваю, что как только сформулируете нормально, сразу поймете как это самостоятельно сделать.
P.P.S.
Сделайте вывод в самом питоне в файл, без append, чтобы он писал только одну строку, и сделайте вывод в /tmp, который в большинстве линуксов это ramdrive
А еще лучше, в самом питоне сделайте вывод не каждого значения, а одного из 10 или из 100. Это ж не сложно.