У меня очень частые запросы к nginx (php), это же приложение на апаче работает нормально, на nginx через несколько секунд будто бы срабатывает защита от ддос. Что может ограничивать? Конфиг стагдартный
Покажите ваш стандартный конфиг. Хотя, честно говоря, лично я ставлю на проблему в настройке РНР - вы же в апаче модуль используете, небось, а с нгинксом - php-fpm?
В последней версии Nginx, как и во всех предыдущих версиях, никаких подобных ограничений нет.
Если приложение работает не так, как ожидается оно неверно сконфигурировано, но не видя конфига и не зная какая цель преследуется сказать что-то конкретное невозможно.