В общем случае, вам нужно подучить, чем отличаются
а) запросы, которые модифицируют архитектуру базы (Create table, Alter Table, Create index и т.д.)
б) от запросов, которые работают с данными текущей архитектуры (SELECT, INSERT, UPDATE, DELETE).
Сделав экспорт базы в формате sql, вы обнаружите, что дамп состоит из запросов, которые сначала создают или модифицируют архитектуру базы, а зачем, идут запросы, которые вставляют данные.
Например в db1 есть table_user с сотнями данных, а в db2 его нет. Нужно, чтобы table_user перешел в db2, но без данных, нужно чтобы она просто создалась.
Для этой задачи достаточно взять дамп db1 базы или даже отдельной таблицы table_user, и выполнить только те запросы из дампа, которые не касаются вставки данных в table_user, и других таблиц объектов схемы.
И второй вариант событий: в db1 и db2 есть table_user, но у db1 table_user появилось 20 новых колонок, как их передать в более легком виде db2 table_user?
Тут посложней.
Изучайте alter table add column и применяйте его для недостающих колонок. Не забудьте из дампа взять запросы, которые создают или модифицируют другие объекты, связанные с новыми колонками.