В случае со Skype проблема может быть даже не у провайдера, а в слабом узле.
Рекомендую программу
www.pingplotter.com, — это красивый вариант pathping. К сожалению, платная, но аналогов для Windows я не находил (хотя там есть 30-дневный полнофункциональный trial, или же можно поискать «альтернативные» версии по торрентам). К тому же, там есть целый раздел по диагностике проблем VoIP:
www.pingplotter.com/manual/standard/voiptroubleshooting.html
Эта программа как будто специально создана для красивых отчетов.
Программу Iperf можно использовать для эмуляции разговора, а так сама по себе она измеряет только ширину канала, а не ищет проблему.