Клиент пожаловался что не открываются разделы сайта, в том числе и админка с ошибкой 403 Forbidden. Поискав немного, обнаружил что в каждом из разделов (например /bitrix/, /about/, /contacts/ и т.д.) находится файл .htaccess с кодом:
<FilesMatch ".(phtml|php|PhP|php5|suspected)$">
Order Allow,Deny
Deny from all
</FilesMatch>
Собственно если файл удалить, то раздел открывается (что в общем то логично). Вопрос в том откуда эти htaccess там взялись? У всех htaccess стоит одна и та же дата изменения.