По ссылкам много полезной информации:
Java Sound Resources: FAQ: Audio ProgrammingWired for soundJava Microphone Selection and Level Monitoring
1. При записи с устройства нельзя выбрать непосредственно входной порт. Входной порт идет на микшер. Записывать можно с выхода микшера (TargetDataLine).
Но, если входных устройств несколько (микрофон, линейный, компакт-диск), то можно поставить "Mute" на ненужные входы (через интерфейс Control), и на выходе микшера получить запись с нужного источника. Аналогично, через Control, можно управлять громкостью выбранного источника. Control-ы нужно получать после Line.open().
2. Вход активируется только в случае, если к нему подключить внешнее устройство. По крайней мере так происходит со звуковыми картами Realtek, которые я видел. И, в этом случае, его можно "увидеть" через AudioSystem.getSourceLineInfo(<тип порта>). Вход микрофона почему-то обычно активен, возможно потому, что выведен на переднюю панель системного блока.
3. В диспетчере Realtek HD, в дополнительных настройках, устройство записи по умолчанию "комбинированное", т.е. все устройства записи отображаются как одно. Нужно выбрать вариант "Разделить входные гнезда ...."