import zipfile
z = zipfile.ZipFile('BEK.zip', 'w')
z.setpassword(b"1234")
for root, dirs, files in os.walk('/path/to/file'): # Список всех файлов и папок в директории folder
for file in files:
z.write(os.path.join(root,file)) # Создание относительных путей и запись файлов в архив
z.close()