Случайно опечатался и вместо:
SELECT * FROM files WHERE parsing_status IS NULL
получилось:
SELECT * FROM files WHERE parsing_status IS NULL AND parsing_status IS NULL
В результате вместо 1 секунды запрос отработал в 10 раз дольше.
Сам запрос немного сложнее чем указанный, но суть была именно в дублировании указанного поля. Как такое может быть? Хотя бы теоретически?