Обязательно на Python? простейшая операция в консоли:
cat <файл> | grep -v ^$ > <файл без пустых строк>
если непременно на python - то читаете файл построчно, и пишете в oufile. Что-то вроде:
for line in in_file:
if line.strip():
out_file.write(line)
после этого исходный файл удаляете, а результирующий - переименовываете в исходный