Здравствуйте.
Почему выполняю в консоль вывод свойства prototype, то Object.prototype показывает объект, но без имени, те у Boolean прототип Boolean и тд, а у Object нет никакого имени и просто объект?(выделено красным)
Потому что так сделано в консоли хрома. В консоли файерфокса разницы нет.
Объект в javascript, конечно, родитель всего остального, но никакой осмысленной причины подобной разницы отображения нет. Просто какие-то кривые особенности визуализации хрома.