Потому что компилятор ищет Python.h во время компиляции. В это время никакой main() не выполняется и chdir ничего не делает. Надо указать компилятору, где искать хедеры.
Как вы компилируете? Вы под виндовс, видимо, сидите - у вас visual studio или вы gcc используете? Или что-то еще? Используете ли вы cmake или какую-то еще систему сборки? Приведите буквально ту команду/ваши действия, которые приводят к выводу на экран ошибки.
В итоге все должно вылиться в дописывание
флага -I"c:\Python39\include" к команде компиляции. Если какая-то система сборки, то прямо в файле проекта можно как-то указать эту опцию.
Сам же include нужно делать без всяких путей, просто
#include <Python.h>
.