Rclone/Rsync или сжать и перетянуть их одним файлом, можно сжимать, передавать а после распаковывать на лету во время приема
Что то вроде такого
передача
tar -c /path/to/file/ | nc -l 3333
приём
nc example.com 3333 > tar -xvf -C /path
Можно обернуть не через nc, а через ssh и добавь сжатие при необходимости
Но строго говоря я все же рекомендую Rsync