Чтобы после перегруза работали они, надо всего лишь после добваления алиаса, активировать изменения командой:
. ~/.bashrc
Т.е., если например вы добавили алиас:
echo -e "alias ar='sudo apt autoremove'" >> ~/.bashrc
после этого сразу же выполнить:
. ~/.bashrc
Или сразу одной командой:
echo -e "alias ar='sudo apt autoremove'" >> ~/.bashrc; . ~/.bashrc
И теперь, всегда после перегруза будут работать алиасы.