httpd.apache.org/docs/2.4/mod/core.html#directory
Директива
<Directory>
доступна только в server config, virtual host.
Если её запихнуть в .htaccess, то вместо сайта будет страница ошибки 500, а в error.log запись
<Directory not allowed here
Если с таким .htaccess сайт открывается значит в настройках
AllowOverride отключена обработка .htaccess и эти файлы просто игнорируются.
В Ubuntu файлы настроек VirtualHost лежат в /etc/apache2/sites-available/.
Для включения .htaccess заменить
AllowOverride None
на
AllowOverride All
Возможно ещё потребуется подключить mod_rewrite
sudo a2enmod rewrite
И не забыть рестартануть apache
sudo service apache2 restart