перенеси компонент в футер))
<?
ob_start();
// вызов компонента
$mainSiteSelectorComponent = ob_get_contents();
ob_end_clean();
$APPLICATION->AddViewContent('mainSiteSelectorComponent', $mainSiteSelectorComponent);
?>
В хедере, где выводил компонент
<?$APPLICATION->ShowViewContent('mainSiteSelectorComponent');?>
Дальше варианта 2:
1. Впринципе, как ты правильно говорил шаблон этого компонент не кешируется, так что можешь свободно получить значение свойста в нем
2. Передать значение в параметр компонента, это если бы шаблон был кешируемым
Получить свойство
$APPLICATION->GetProperty('link');
UPD
соответсвенно можешь и проверку вставить
$propertyLink = $APPLICATION->GetProperty('link');
if($propertyLink) {
}