А табличную часть с сотрудниками вот не пойму как обходить и получать гуиды.
Точно так же как если бы вы работали не с объектами второй базы, а с объектами родной. Всей-то разницы, что нужно помнить, что данные на той стороне и тут несовместимы друг с другом (даже если базы идентичны и нужно присвоить перечисление, которое есть на двух сторонах, его нужно сперва получить из второй базы перед присваиванием).