Вопрос, конечно, гениален, если учесть, что причин может быть вагон. Скорее всего причина в том, что отступ от хэдера как-то высчитывается от позиции скрола, и при быстрой прокрутке в расчет попадают бОльшие значения.
Дайте ссылку на сайт - разберемся.