а в instagram вообще 3 геоточки выходит по поиску
Возможно остальные два местоположения создали ваши клиенты и я не вижу в этом ничего плохого, они ведь создали их с благими намерениями - чтобы о вас узнали больше людей.
Как из них оставить только одну точку и сделать связанную геоточку с главной бизнес страницей facebook (как удалить другие)?
К сожалению сами вы их удалить не сможете, но стоит попытаться через техподдержку. Для этого вам нужно узнать заранее ID Business Manager-а, к которому привязана ваша facebook страница и при этом точка компании должна быть связана с этим аккаунтом Business Manager