Насколько точно необходимо накладывать картинку?
Если флаг скажем идет волнами от воздуха, то проще сделать второй видео файл с флагом в 3d редакторе с наложенным изображением. Причем сделать так, что бы он повторял все движения флага в первом видео файле. Затем наложить сверху этот видео файл на первый.
Если необходимо наложить изображение на прямоугольную область на флаге, то сделать это проще через трекинг точек, как вы и написали.
Трекинг можно сделать тоже несколькими способами, первый:
1. Добавляем видеофайл в Flash IDE редактор.
2. Создаем 4 объекта и в каждом кадре передвигаем их в соответствии с движением флага в видео файле.
3. Каждому объекту даем имя по которому AS код найдет объект и возьмет его координаты.
4. AS код берет координаты в каждом кадре и двигает/масштабирует картинку в соответствии с координатами объектов трекинга.
Второй способ:
1. В видеоредакторе создаем трекинг координаты и зашиваем их в метадата, в видео файл с флагом.
2. В флешке подгружаем этот видео файл, где AS берет в каждом кадре эти трекинг координаты и двигает/масштабирует картинку в соответствии с ними.