rewrite ^/([0-9]+)/$ /index.php?id=$1 last;
rewrite ^/some/([0-9]+)/$ /index.php?secret=abc&id=$1 last;
Если в строке замены указаны новые аргументы запроса, то предыдущие аргументы запроса добавляются после них. Если такое поведение нежелательно, можно отказаться от этого добавления, указав в конце строки замены знак вопроса
rewrite ^/([0-9]+)/$ /index.php?id=$1? last;
rewrite ^/some/([0-9]+)/$ /index.php?secret=abc&id=$1? last;