Ответ сильно зависит от текущего уровня.
Если совсем ноль, то файл с настройками, файл с основным шаблоном сайта, и по паре файлов на каждую страницу - код и шаблон. Обращения идут к РНР файлам напрямую - index.php, blog.php, profile.php
Дальше файл с кодом инклюдит настройки, выполняет код, задаёт имя файла своего шаблона, и инклюдит основной шаблон, а тот внутри себя инклюдит шаблон страницы.
Когда этот этап пройден, прочитать статью "Симфони против чистого РНР"