В общем, я решил просто в profile добавить daily и при вводе команды /daily менял это значение на 1, после добавил функцию SetTimeout() и через минуту оно меняло значение daily в profile обратно на 0.
module.exports.run = async (bot, message, args) => {
const profile = require('../profile.json');
if(profile[message.author.id].daily == 1) return message.reply(' no!')
const bonus = 50;
profile[message.author.id].coins = profile[message.author.id].coins + bonus;
await message.reply(` вы получили бонус ${bonus} Coins!`);
profile[message.author.id].daily = 1;
setTimeout(() => {
profile[message.author.id].daily = 0;
}, 60000);
};