index.html чисто для HTML и server.php для PHP бывает только в самых примитивных учебных проектах.
В реальном коде такого разделения не бывает, и все файлы, содержащие HTML, код обрабатываются интерпретатором РНР.
Другое дело, что HTML пишется не в прямо в РНР файлах которые обрабатывают данные, а в отдельных *шаблонах* - файлах со специальным синтаксисом, которые содержат HTML и некоторую логику для вывода. РНР читает такой файл и исполняет его, заполняя данными. В самом примитивном случае это опять же просто РНР файлы.