Сложность вызывают вот эти черные фигуры?
Самый простой вариант - экспорт в png с поддержкой прозрачности и наложить потом абсолютным позиционированием и з-индекс.
Karina Kokhan, сложно сказать, что вы делаете не так. Судя по картинке выше, они и должны накладываться друг на друга.
Макет действительно интересный, не стандартный. Могу посмотреть где ошибка, если скинете ссылку на сайт или песочницу (CodePen, JSFiddle).