Если используется MergeTree в качестве движка таблицы, то устранить дубликаты можно удалением через
ALTER (блокирует весь кластер), либо только фильтрация во время запроса.
Для симуляции мутабельности есть
VersionedCollapsingMergeTree, но тут также есть нюансы - дубликаты удаляются не сразу и все равно требуется фильтрация во время запроса.
Просто для удаления дубликатов можно использовать
CollapsingMergeTree, но выбор строки недетрменирован и тоже нужна фильтрация, т.к. удаление происходит асинхронно в фоновом режиме.