Пропишите в php.ini:
xdebug.remote_enable = 1
И запускайте скрипт такой командой:
php -dxdebug.remote_autostart=On my_script.php
Но это сработает только если скрипт находится на той же машине, где Вы собираетесь дебажить.
Как настроить PHPStorm, можно почитать
здесь.