Обычно массивы используют, чтобы по ним проходиться подряд. Современные процессоры очень хорошо работают, если данные идут подряд в памяти. Поэтому двумерный массив символов будет работать быстрее благодаря кэшу. Если же это указатели на строки, то каждая строка лежит где попало.
Однако, если строк много, они большие, вы чаще обращаетесь к случайным из них, и они вам даны извне, то подход с указателями предпочтительнее. В этом случае при создании массива вы не будете копировать строки. А преимущество от кэша при такой работе с массивом ничтожно.