Мне нужно объявить переменную что-бы она зашла в каталог и нашла там любой (все) файл (файлы) .mp4
В такой постановке вопрос не имеет смысла.
Как мне задать путь переменной?
 А это что-такое? Может быть, «путь в переменной»?
set let1="Your_files\*.mp4" — не работает. Выдаёт: Your_files\*.mp4: Invalid argument
Ну, значит, ffmpeg (лично я с ним дела не имел) не понимает подстановочные символы в путях  и не выполняет групповые действия над файлами и вставка пути через переменную ничем не поможет, используйте цикл по файлам.
set let2="Result\%%~na.gif"
 %%~na вне циклов смысла не имеет…
Если я понял, что требуется, попробуйте: 
for %%a in ("Your_files\*.mp4") do (
	ffmpeg -i "%%~a" -filter_complex "fps=10,scale=-1:-1:flags=lanczos,split[o1][o2];[o1]palettegen[p];[o2]fifo[o3];[o3][p]paletteuse" "Result\%%~na.gif"
)
pause