Была похожая ситуация в корзине ,но исправил я это следующим вместо
$item["DETAIL_PAGE_URL"], в котором и получается ссылка вида ..../catalog/, я поставил
$arResult["REAL_PRODUCTS"][$item["MAIN_PRODUCT"]]["DETAIL_PAGE_URL"]
на странице оформления заказа такого массива уже нет (
$arResult["REAL_PRODUCTS"]), а значение
$item["DETAIL_PAGE_URL"] - ..../catalog/, ЧПУ все настроено правильно у каталога

Мне нужно переходить из оформления заказа, по клику по товару на детальную страницу, какой есть выход из ситуации?